연구개발 인건비 세액공제나 부가가치세 조기환급 같은 세정지원 제도를 활용하려는 중소기업이라면, 신청 전에 어떤 기준으로 공제 범위가 판단되는지 미리 확인해두는 것이 유리하다. 이노비즈협회와 중부지방국세청은 2026년 9월 15일 이노비즈협회 대회의실에서 이노비즈기업 현장 소통 간담회를 열고 이 같은 세정지원 제도의 현황과 기업 현장의 애로를 함께 짚었다. 간담회에는 정광천 이노비즈협회장과 회원사 대표 10명, 김지훈 중부지방국세청장을 비롯한 세정 관계자 9명 등 총 19명이 참석했다.
왜 기준 명확화가 필요한가
이노비즈기업은 연구인력이 사업지원 업무를 겸직하는 경우가 많고, IT·하드웨어·소프트웨어가 융합된 제품을 개발하는 특성 때문에 인건비 공제 범위와 증빙 기준을 판단하기 어렵다는 지적이 이어졌다. 세무조사, 가업승계, 스톡옵션 대응에 별도의 세무 인력을 두기 힘든 중소기업의 현실적 부담도 논의 배경이 됐다. 2026년 8월 말 기준 전국 이노비즈기업은 약 2만3535개사에 이른다.
기업이 건의한 내용
회원사 대표들은 연구개발과 사업지원 업무를 겸하는 연구인력 인건비의 세액공제 범위 판단 기준을 명확히 해달라고 요청했다. 융합제품 개발에 맞는 R&D 증빙서류 작성 기준을 세분화하고, 기술혁신형 중소기업의 부가가치세 조기환급 기준을 명확히 해 지급기간을 단축해달라는 요구도 나왔다. 이 외에 가업승계 사전상담과 특화 세무 리스크 컨설팅 확대, 소규모 기업을 위한 스톡옵션 설계·부여 실무 가이드, 혁신형 중소기업 대상 정기 세무조사 유예 요건 완화 및 기간 확대도 건의됐다.
국세청이 안내한 지원 제도
중부지방국세청은 이 자리에서 법인세 공제·감면, 세액공제 사전심사·사후검증 면제, 세무조사 사전선택제도, 모범납세자 제도, 권리보호요청 등 기업이 활용할 수 있는 세정지원 제도를 안내하고 조사 중점사례를 공유했다. 세무조사 사전선택제도나 모범납세자 제도 등은 이노비즈기업이 별도로 확인해 신청 여부를 검토해볼 수 있는 항목이다.
정광천 이노비즈협회장은 “이노비즈기업이 R&D와 투자를 지속하려면 세무 행정의 불확실성을 줄이고 실질적인 세제 혜택이 필요한 시점에 제공돼야 한다”며 “세정 당국과 지속적으로 소통해 회원사의 현장 애로가 정책에 반영되도록 노력하겠다”고 말했다. 이번 간담회에서 나온 건의사항이 실제 제도 개선으로 이어질지는 향후 세정 당국의 후속 조치에 따라 갈릴 전망이다.