창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외되고, 그 밖의 AI 중소기업은 신청하면 세무조사를 유예받는다. 중소벤처기업부와 국세청은 12일 AI 중소·스타트업 2559개사에 기술개발·사업화 지원과 맞춤형 세정지원을 연계하는 방안을 발표했다. 세정지원 적용 기간은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지다.
지원 대상과 자격
연계 대상은 중기부가 올해 추진한 20개 지원사업에서 선정한 AI 중소기업·스타트업이다. 대상 사업에는 팁스(TIPS), 초격차 스타트업 프로젝트, AI 응용제품 신속 상용화 지원사업, AI·AX 경쟁력 강화 우대보증, 글로벌 액셀러레이팅 등이 있다.
대상 확정은 별도 신청이 아니라 명단 공유로 이뤄진다. 중기부가 지원사업으로 선정한 AI 기업 명단을 국세청에 공유하면, 국세청이 세정지원 대상을 확정해 서비스를 제공하는 방식이다.
세정지원 내용과 적용 기간
창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외된다.
그 밖의 AI 중소기업은 신청 시 세무조사 착수 예정일부터 2년간 조사를 유예받는다. 지방 소재 기업은 유예 기간이 3년이다. 유예는 신청을 전제로 하는 조건부 지원이다.
연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 공제감면 컨설팅도 우선 처리된다. 납부기한 연장, 환급금 조기 지급 등 유동성 지원도 포함된다. 세정지원 적용 기간은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지다.
상담 창구와 협약 후속 조치
국세청은 홈택스에 AI 중소기업 전용 상담 서비스를 두고, 세무서에는 전용 창구를 운영할 예정이다.
이번 방안은 지난해 12월 중기부와 국세청이 체결한 AI 중소·스타트업 성장지원을 위한 업무협약의 후속 조치다. 이번 협업의 배경에는 AI 기업의 높은 초기 투자 부담이 있다. 두 기관은 세무검증 부담 완화와 자금 유동성 지원으로 기업이 기술개발과 사업화에 집중하게 하려는 취지다.
이소영 중기부 장관은 “AI 산업의 경쟁력은 혁신적인 기술과 아이디어를 가진 스타트업이 얼마나 빠르게 성장할 수 있는 환경을 만들어 주느냐에 달려 있다”고 말했다. 이어 “중기부의 기술개발·사업화·금융·글로벌 진출 지원과 국세청의 세정지원이 유기적으로 연결돼 유망 AI 중소·스타트업이 기술개발과 성장에 더욱 집중할 수 있는 기반을 만들겠다”고 밝혔다.
임광현 국세청장은 “AI 중소·스타트업은 기술혁신과 미래 성장동력 창출을 이끌 핵심 기업인 만큼 성장 과정에서 겪는 세무상 어려움을 줄이는 것이 중요하다”고 말했다. 또 “중기부와 긴밀하게 협력해 AI 기업이 현장에서 체감할 수 있는 실질적인 세정지원을 지속해 나가겠다”고 했다.
세제 혜택 규모, 유예 신청 현황, 사업화 성과는 향후 집행 과정에서 확인해야 할 사항으로 남아 있다.